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    資訊中心

    【CMDE】公開人類10基因突變聯合檢測試劑盒審評報告

    2018-11-27 5727

    體外診斷試劑產品注冊技術審評報告

    產品中文名稱:人類10基因突變聯合檢測試劑盒 (可逆末端終止測序法) 

    產品管理類別:三類6840 

    申請人名稱:  廈門艾德生物醫藥科技股份有限公司      

    國家食品藥品監督管理總局 

    醫療器械技術審評中心

    基本信息

    一、申請人名稱:廈門艾德生物醫藥科技股份有限公司

    二、申請人住所:廈門市海滄區鼎山路39號 

    三、生產地址:廈門市海滄區鼎山路39號           

    產品審評摘要

    一、產品概述

    (一)產品主要組成成分

    表1  試劑盒主要組成成分

    具體組成成分、配套試劑及軟件見說明書。

    (二)產品預期用途

       本試劑盒用于定性檢測非小細胞肺癌(NSCLC)、結直腸癌(CRC)患者經中性福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)的組織樣本中EGFR/ALK/ROS1/RET/KRAS/NRAS/PIK3CA/BRAF/HER2/MET基因變異。其中,針對NSCLC,EGFR基因中:19號外顯子缺失(19del)、L858R點突變用于吉非替尼片的伴隨診斷檢測,T790M點突變用于甲磺酸奧希替尼片的伴隨診斷檢測;ALK基因重排(融合)和ROS1基因重排(融合)用于克唑替尼膠囊的伴隨診斷檢測;針對CRC,KRAS基因野生型用于西妥昔單抗注射液的伴隨診斷檢測;如表2所示。 

    表2  伴隨診斷用途的基因變異類型及相應的靶向藥物

    表3中為本試劑盒可以檢出,但未經伴隨診斷驗證的基因變異類型。 

    表3  未經伴隨診斷用途驗證的基因變異類型

    其檢測結果僅供臨床參考,不應作為患者個體化治療的唯一依據。臨床醫生應結合患者病情及其他實驗室檢測指標等因素對檢測結果進行綜合判斷。

    (三)產品包裝規格

     24測試/盒

    (四)產品檢驗原理

    本試劑盒通過構建樣本DNA測序文庫,并使用特異探針對文庫進行目標區域捕獲富集,捕獲后的文庫通過高通量測序,可實現多個基因多個突變的一次性檢測。

     首先,以FFPE樣本提取的DNA為材料,進行DNA片段化處理,并使用磁珠對DNA進行片段選擇,然后對所得片段進行末端修復和加A處理,使用DNA連接酶將接頭連接到DNA模板的兩端,再使用帶有標簽序列(Index)的引物和聚合酶進行PCR擴增得到擴增文庫;擴增文庫與帶有生物素標記的寡核苷酸探針進行液相雜交,并用鏈霉素包被的磁珠對與探針結合的文庫進行捕獲富集,最后經過PCR擴增得到捕獲文庫。捕獲文庫采用基因測序儀(型號:NextSeq CN500,杭州貝瑞和康基因診斷技術有限公司生產,注冊證號:國械注準20153400460)進行高通量測序。對于測序數據,采用生物信息學軟件判讀10種基因中是否存在來自腫瘤的變異。

    二、臨床前研究摘要

    (一)主要原材料

     1.主要原材料的選擇

     該試劑盒主要原材料包括:捕獲探針、末端修復酶、連接酶、DNA聚合酶、對照品等,這些原材料均為外購方式獲得,捕獲探針為申請人自行設計后由專業的合成公司合成。申請人選擇有資質的供應商提供的原料,通過功能性試驗,篩選出最佳原材料和供應商。制定了各主要原材料質量標準并經檢驗合格。

     2.企業參考品和質控品設置情況 

    企業參考品包括陽性參考品、陰性參考品、檢測限參考品和重復性(精密度)參考品。其中: 

    陽性參考品共18份,包括該產品可檢出的所有突變或融合類型,均為DNA樣本。其中8份來自臨床樣本,5份來自混合的細胞系參考品(由自行購買的不同突變或融合類型的15個細胞系參考品混合而成),5份來自混合人工合成DNA的人類細胞系參考品(一共含18個不同突變或融合類型)。所有參考品均用Sanger測序法和數字PCR方法驗證。 

    陰性參考品共8份,包括1份大腸桿菌樣本,7份試劑檢測范圍內基因變異陰性的臨床樣本。所有樣本均用Sanger測序法和數字PCR方法驗證為相關突變陰性。

     檢測限參考品共10份,包括該產品可檢出的所有突變或融合類型。其中5份由混合陽性細胞系和試劑檢測范圍內基因變異陰性的細胞系DNA稀釋獲得,5份由人工合成DNA和試劑檢測范圍內基因變異陰性的細胞系樣本DNA稀釋獲得。10份檢測限參考品稀釋后的突變類型和重排(融合)類型變異比例為1%。 

    重復性參考品總共15份,包括該產品可檢出的所有突變或融合類型。其中7份由混合陽性細胞系和試劑檢測范圍內基因變異陰性的細胞系DNA稀釋獲得,7份由人工合成DNA和試劑檢測范圍內基因變異陰性的細胞系樣本DNA稀釋獲得,1份為試劑檢測范圍內基因變異陰性的細胞系樣本DNA。12份弱陽性參考品突變比例為1~5%,2份強陽性參考品突變比例為15%,另采用試劑檢測范圍內基因變異陰性的細胞系制成1份陰性參考品。 

    該產品的對照品來源于細胞系樣本的DNA,其中陽性對照品包含EGFR/KRAS基因突變陽性和ROS1基因融合,陰性對照品為試劑檢測范圍內10種基因變異陰性,用于檢測過程中試劑和儀器的質量控制。

    (二)生產工藝及反應體系研究

     申請人通過對試劑主要生產工藝的研究,確定了最佳生產工藝。

     申請人通過使用初步確定的配方進行反應體系配制,對反應體系中的樣本核酸提取試劑、末端修復試劑用量、連接試劑用量、接頭用量、LC-D7/D5引物用量、雜交文庫混合數量、雜交捕獲文庫用量、封閉劑用量、捕獲探針用量、雜交液用量、磁珠用量、雜交時間、擴增反應條件等進行篩選和優化,通過功能性試驗,最終確定了最佳的反應體系。

     (三)分析性能評估

    分析性能評估內容包括陰/陽性參考品符合率、最低檢出限、分析特異性和干擾物質、重復性、腫瘤組織樣本要求研究、核酸提取純化配套試劑組合性能研究等。 

    在陰/陽性參考品符合率試驗中,申請人采用18份陽性參考品和8份陰性參考品對3批成品試劑盒(P215071301Z、P215071501Z、P215071701Z)進行了檢測驗證,檢測結果均為預期的突變型,說明陽性參考品符合率和陰性參考品符合率均為100%。同時選取21個陽性臨床樣本在3批成品試劑盒(06018010501Z、06018032901Z、06018052101Z)上分別進行檢測,結果均能正確檢出。 

    在最低檢出限試驗中,申請人采用10份檢測限參考品對3批成品試劑盒(P215071301Z、P215071501Z、P215071701Z)進行了檢測驗證,結果均能正確檢出。同時選取4份經過數字PCR定量的陽性臨床樣本(EGFR/ALK/HER2基因變異陽性,含有點突變、插入缺失突變和基因重排),用基因變異陰性的臨床樣本配制8級突變頻率梯度共32個樣本,每個樣本分別在3種建庫起始量(10 ng、30 ng和50 ng)下進行了6次重復檢測,確定了樣本的檢測限為可檢測30ng DNA中頻率低至1%的突變(含有點突變、插入缺失突變和基因重排)。

    取15份經過數字PCR定量的陽性臨床樣本(EGFR/ALK/ROS1/HER2/RET/KRAS/NRAS/PIK3CA/BRAF基因變異陽性,含有點突變、插入缺失突變和基因重排),用試劑檢測范圍內基因變異陰性的臨床樣本配制成1%變異頻率,在30ng建庫起始量下,用3批成品試劑盒(06018010501Z、06018032901Z、06018052101Z)對各樣本進行了20次重復檢測驗證,最終確定該產品不低于95%檢出率時,可檢測30ng DNA中頻率低至1%的突變(含有點突變、插入缺失突變和基因重排)。 

    在分析特異性試驗中,申請人采用試劑盒檢測范圍內的基因變異陰性的臨床樣本DNA,進行不同建庫起始量的檢測,檢測結果均為陰性,說明產品對不同起始量的陰性臨床樣本DNA具有良好的耐受性。對于試劑盒檢測范圍內的基因變異陽性參考品,本試劑盒檢測結果均為相應型別陽性,沒有錯檢或漏檢,說明本試劑盒能準確檢測目標區域的堿基突變狀態,檢測的變異類型間不存在交叉反應。本試劑盒能對非人類基因組(大腸桿菌和肺炎鏈球菌)DNA進行正常建庫,但不能對目標區域序列進行捕獲富集,說明本試劑盒與非人類基因組DNA無交叉反應。

    在干擾物質試驗中,申請人在陽性臨床樣本和陰性臨床樣本中分別加入如下干擾物質:壞死組織(等體積)、乙醇(21.7 mmol/L)、二甲苯(35 mmol/L)、蛋白酶K(0.08 mg/mL)然后進行檢測,樣本檢測結果均與預期一致,說明這些干擾物質在不高于上述濃度的情況下不會對該產品的結果產生影響。

    在重復性試驗中,申請人采用重復性參考品15份在3批成品試劑盒(P215071301Z、P215071501Z、P215071701Z)上分別完成20次重復檢測,檢測結果一致。同時選取了21份臨床樣本,在3批成品試劑盒(06018010501Z、06018032901Z、06018052101Z)上分別完成20次重復檢測,檢測結果一致。

     針對核酸提取純化步驟,申請人采用臨床樣本,平行比較了2種核酸提取試劑盒的提取效果,根據與該產品的組合性能研究結果,確定了1種核酸提取試劑作為樣本提取的推薦試劑盒。

    在腫瘤組織細胞含量研究中,申請人對不同腫瘤細胞占比對檢測結果的影響進行了研究。結果表明,腫瘤細胞占比5%以上的組織樣本均可檢出。結合臨床樣本的多樣性和復雜性,建議組織樣本腫瘤細胞占比≥20%。

    申請人提供了3批產品(06216070401X,06216071101X,06216071801X)在其適用機型上的性能評估資料,結果均符合要求。 

    (四)陽性判斷值

    申請人首先采用少量臨床樣本進行了初步確定,然后采用不同基因不同變異類型的陽性臨床樣本進行陽性判斷值驗證,最終確定了陽性判斷值標準。

    申請人共采用了38個樣本(16個商業化參考品及22個臨床樣本;包含了點突變、插入/缺失和融合三種類型)進行檢測,分別統計其檢出情況。通過ROC曲線方式確認采用突變頻率0.4%可以有效檢出突變。并對樣本原始數據分別隨機抽取測序深度為15000×、10000×、7500×、5000×,確定樣品測序平均原始深度要求為10000×,并確定了位點有效深度的最低要求為500×,突變絕對拷貝數應不低于2,選擇鏈平衡性0.1~0.9作為陽性判斷值的要求(融合不適用)。

    陽性判斷值驗證:采用10份陰性、10份靈敏度參考品、以及經數字PCR驗證并稀釋至1%的15例FFPE樣本(包含不同基因不同區段的變異類型),分別測試陽性符合率、陰性符合率,結果表明,陽性符合率、陰性符合率都100%吻合,總體驗證結果符合要求。

     通過上述實驗,最終確定該產品使用配套軟件進行數據分析時的陽性判斷值為: 

    1.突變比例不低于0.4%; 

    2.測序有效深度不低于500×;

    3.突變絕對拷貝數不低于2; 

    4.鏈平衡性介于0.1~0.9之間(融合不適用)。 

    (五)穩定性研究

    申請人對該產品實時穩定性、運輸穩定性、凍融穩定性、開瓶穩定性進行了研究,確定了在各種條件下本產品的有效保存時間。同時對石蠟樣本穩定性、核酸(DNA)溶液穩定性、文庫穩定性等進行了研究,確定了檢測過程中各種樣本類型的有效保存時間。 

    實時穩定性研究:采用三批次試劑盒(P215090202Z、P215090603Z、P215100801Z)儲存于-20±5℃條件下,分別在0、3月、6月和8月對物理性能、準確度、特異性、檢測限和精密度進行考察。結果顯示,各項性能指標均符合要求,確定產品在-20±5℃條件下,可穩定保存6個月。 

    運輸穩定性研究:采用三批試劑盒(P215090202Z、P215090603Z、P215100801Z)按運輸要求完成運輸試驗,然后按要求儲存至效期末,在運輸前/后、儲存至效期末時分別對物理性能、準確度、特異性、檢測限和精密度進行考察。結果顯示,各項性能指標均符合要求,確定了該產品的運輸條件。

    凍融穩定性研究:采用三批次試劑盒(P215090202Z、P215090603Z、P215100801Z)反復凍融10次,分別在反復凍融第5次和10次后對物理性能、準確度、特異性、檢測限和精密度進行考察。結果顯示,各項性能指標均符合要求??紤]到臨床實際運用,為保證檢測結果的準確性,建議凍融次數不超過5次。 

    開瓶穩定性研究:采用三批次試劑盒(P215090202Z、P215090603Z、P215100801Z)解凍后,拆開包裝,將末端修復緩沖液、末端修復酶、連接緩沖液、連接增強子、接頭、擴增反應緩沖液、LC-D5引物、LC-D7引物、封閉劑、捕獲探針、雜交緩沖液、磁珠洗滌緩沖液、5×洗滌緩沖液、聚合酶、對照品等各組分震蕩混勻、瞬時離心,在超凈工作臺中依次開蓋后再蓋緊,放置5分鐘后置于-20±5℃存儲(模擬使用過程),分別在第3和6個月對物理性能、準確度、特異性、檢測限和精密度進行考察。結果顯示,開瓶后的試劑盒在-20±5℃保存6個月,各項性能指標均滿足要求。 

    申請人對石蠟包埋樣本穩定性、核酸(DNA)樣本凍融穩定性也進行了研究。研究確認石蠟組織樣本保存期限不超過18個月;核酸(DNA)樣本置于-20±5℃保存期限可達到8個月。 

    三、臨床評價摘要

    本產品用于定性檢測非小細胞肺癌(NSCLC)、結直腸癌(CRC)患者經中性福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)的組織樣本中EGFR/ALK/ROS1/RET/KRAS/NRAS/PIK3CA/BRAF/HER2/MET基因變異。其中,針對NSCLC,EGFR基因中:19號外顯子缺失(19del)、L858R點突變用于吉非替尼片的伴隨診斷檢測,T790M點突變用于甲磺酸奧希替尼片的伴隨診斷檢測;ALK基因重排(融合)和ROS1基因重排(融合)用于克唑替尼膠囊的伴隨診斷檢測;針對CRC,KRAS基因野生型用于西妥昔單抗注射液的伴隨診斷檢測。

         (—)比較研究

    申請人在福建醫科大學附屬協和醫院、第四軍醫大學附屬唐都醫院、福建省立醫院、首都醫科大學附屬北京胸科醫院共4家臨床試驗機構完成了臨床試驗。采用考核試劑與組織檢測的金標準Sanger測序法對臨床樣本進行比較研究,驗證本產品的臨床性能。入組樣本為非小細胞肺癌樣本1248例、結直腸癌樣本295例和干擾樣本20例,共計1563例有效樣本。樣本類型均為石蠟包埋組織??己嗽噭┡c對比試劑檢測結果不一致的樣本采用PCR方法進行驗證。

     本臨床試驗在1248例肺癌樣本中共檢出863例突變陽性樣本,陽性率為69.15%。包括EGFR基因中335例L858R突變陽性、270例Exon19 deletion突變陽性、12例T790M突變陽性、14例L861Q突變陽性、6例S768I突變陽性、8例G719A突變陽性、9例G719S突變陽性;KRAS基因中33例G12D突變陽性、33例G12C突變陽性、29例G12V突變陽性、7例G12A突變陽性、4例G12S突變陽性、2例Q61H突變陽性;NRAS基因中G12D和Q61K突變陽性各1例;BRAF基因中13例V600E突變陽性;PIK3CA基因中17例H1047R突變陽性;MET基因中檢出申報類型和非申報類型共20例MET Exon14 skipping陽性突變;HER2基因中24例A775_G776insYVMA突變陽性;ALK基因中檢出申報類型和非申報類型共85例ALK基因重排(融合)陽性; ROS1基因中檢出申報類型和非申報類型共13例ROS1基因重排(融合)陽性;RET基因中檢出申報類型和非申報類型17例RET基因重排(融合)陽性。

    與對比方法的研究結果顯示,考核試劑的定性檢測結果陽性符合率為98.99%(95%CI 98.02%~99.56%),陰性符合率為82.49%(95%CI 78.69%~85.87%),總符合率為92.95%(95%CI 91.38%~94.31%)。進行Kappa一致性檢驗,Kappa值=0.8429,P<0.001,顯示二者具有良好的檢測一致性。 

    在1248例肺癌樣本中,兩種方法檢測結果不一致或不完全一致共有109例。109例樣本的第三方驗證結果中,有92例與考核試劑檢測結果一致,有14例與對照方法檢測結果一致,2例(雙突變樣本)與雙方檢測結果均不一致,1例因特殊情況未進行驗證。

     本臨床試驗在295例結直腸癌樣本中共檢出111例突變陽性樣本,陽性率為37.63%。包括KRAS基因中45例G12D突變陽性、10例G12C突變陽性、17例G12V突變陽性、3例G12A突變陽性、3例G12S突變陽性;NRAS基因中8例G12D突變陽性、3例Q61K突變陽性、2例Q61R突變陽性;BRAF基因中13例V600E突變陽性;PIK3CA基因中9例H1047R突變陽性;1例EGFR基因G719S突變陽性;1例ROS1基因重排(融合)陽性。

     與對比方法的研究結果顯示,考核試劑的定性檢測結果陽性符合率為100%(95%CI 96.38%~100%),陰性符合率為94.36%(95%CI 90.13%~97.15%),總符合率為96.27%(95%CI 93.43%~98.12%)。進行Kappa一致性檢驗,Kappa值=0.9190,P<0.001,顯示二者具有良好的檢測一致性。

     在295例結直腸癌樣本中,兩種方法檢測結果不一致或不完全一致共有11例。11例樣本的第三方驗證結果中,有7例與考核試劑檢測結果一致,有3例與對照方法檢測結果一致,1例(雙突變樣本)與雙方檢測結果均不一致。 

    (二)伴隨診斷比較研究

    申請人在山西省腫瘤醫院進行考核試劑與伴隨診斷用途試劑的比較研究。

    1.1. EGFR基因與已上市伴隨診斷試劑盒的比較研究 

    EGFR基因突變對比試劑采用凱杰公司therascreen®EGFR RGQ PCR Kit試劑盒。本次對比研究共納入220例福爾馬林固定,石蠟包埋的晚期非小細胞肺癌組織樣本??己嗽噭┰?3例樣本中檢出陽性(其中19Del 41例、L858R 39例、T790M 3例、L861Q3例、S768I 1例)。 

    考核試劑在220例樣本中有6例樣本定性檢測結果與對照試劑不一致。其中5例為考核試劑檢出陽性(其測序豐度均低于對照試劑檢出限),對照試劑檢出陰性。1例為考核試劑檢出陰性,對照試劑檢出陽性,可能原因為腫瘤組織異質性或檢測方法學的差異。 

    考核試劑與對照試劑定性檢測EGFR基因的陽性符合率為98.73%(95%CI 93.15%~99.97%),陰性符合率為96.45%(95%CI 91.92%~98.84%),總符合率為97.27%(95%CI 94.16%~98.99%)。進行Kappa一致性檢驗,Kappa值=0.941,P<0.001,顯示二者具有良好的檢測一致性。 

    考核試劑與對照試劑定性檢測19Del的陽性符合率為95.00%(95%CI:83.08%~99.39%),陰性符合率為98.33%(95%CI:95.21%~99.65%),總符合率為97.73%(95%CI:94.78%~99.26%);EGFR L858R檢測結果的陽性符合率為94.74%(95%CI:82.25%~99.36%),陰性符合率為98.35%(95%CI:95.26%~99.66%),總符合率為97.73%(95%CI:94.78%~99.26%);EGFR 稀有突變(包括T790M、L861Q、S768I等)檢測結果的陽性符合率為100.00%(95%CI:54.07%~100.00%),陰性符合率為100.00%(95%CI:98.29%~100.00%),總符合率為100.00%(95%CI:98.34%~100.00%)。 

    1.2.  ALK基因與已上市伴隨診斷試劑盒的比較研究 

    ALK基因融合(重排)對比試劑采用雅培公司VysisALK Break Apart FISH 探針試劑盒和羅氏公司VENTANA ALK免疫組化(IHC)檢測試劑盒。本次對比研究共納入228例福爾馬林固定,石蠟包埋的晚期非小細胞肺癌組織樣本。228例樣本的FISH與IHC檢測結果有4例不一致,224例一致??己嗽噭┰?24例樣本中共檢出29例陽性。 

    考核試劑在224例樣本中有2例樣本檢測結果與對照試劑不一致。1例為考核試劑檢出陽性(其測序豐度較低),對照試劑(IHC/FISH)均檢出陰性。1例為考核試劑檢出陰性,對照試劑(IHC/FISH)均檢出陽性,可能原因為腫瘤組織異質性或檢測方法學的差異。 

    考核試劑與對照試劑(IHC/FISH)定性檢測ALK基因的陽性符合率為96.55%(95%CI:82.24%~99.91%),陰性符合率為99.49%(95%CI:97.18%~99.99%),總符合率為99.11%(95%CI:96.81%~99.89%)。進行Kappa一致性檢驗,Kappa值=0.960,P<0.001,顯示二者具有良好的檢測一致性。

    1.3. ROS1基因與已上市伴隨診斷試劑盒的比較研究 

    ROS1基因融合(重排)對比試劑采用廈門艾德生物人類ROS1基因融合檢測試劑盒(熒光PCR法)。本次對比研究共納入232例福爾馬林固定,石蠟包埋的晚期非小細胞肺癌組織樣本??己嗽噭┰?例樣本中檢出陽性。 

    考核試劑在232例樣本中有1例樣本檢測結果與對照試劑不一致??赡茉驗槟[瘤組織異質性或檢測方法學的差異。 

    考核試劑與對照試劑定性檢測ROS1基因的陽性符合率為87.50%(95%CI 47.35%~99.68%),陰性符合率為100.00%(95%CI 98.37%~100.00%),總符合率為99.57%(95%CI 97.62%~99.99%)。進行Kappa一致性檢驗,Kappa值=0.931,P<0.001,顯示二者具有良好的檢測一致性。 

    1.4.KRAS基因與已上市伴隨診斷試劑盒的比較研究 

    KRAS基因突變對比試劑采用凱杰公司therascreen®KRAS RGQ PCR Kit試劑盒。本次對比研究共納入204例福爾馬林固定,石蠟包埋的晚期結直腸癌組織樣本??己嗽噭┰?8例樣本中檢出陽性。 

    考核試劑在204例樣本中有5例樣本檢測結果與對照試劑不一致。5例不一致樣本均為考核試劑檢出陽性(其測序豐度均低于對照試劑檢測限),對照試劑檢出陰性。

    考核試劑與對照試劑定性檢測KRAS基因的陽性符合率為 100.00%(95%CI:94.31%~100.00%),陰性符合率為96.45%%(95%CI:91.92%~98.84%),總符合率為97.55%(95%CI:94.37%~99.20%)。進行Kappa一致性檢驗,Kappa值=0.944,P<0.001,顯示二者具有良好的檢測一致性。

    (三)TKI 藥物療效相關的回顧性臨床研究

    申請人在上海市肺科醫院、北京胸科醫院和山西省腫瘤醫院進行靶向藥物療效相關的回顧性臨床研究。3家研究中心合計完成162例靶向藥物療效相關研究。其中吉非替尼片53例、鹽酸??颂婺崞?例、鹽酸厄洛替尼片2例、甲磺酸奧西替尼片25例、克唑替尼膠囊53例、西妥昔單抗注射液23例。 

    1.吉非替尼片藥效相關性研究 

    合計納入53例既往接受吉非替尼片治療的局部晚期或轉移性非小細胞肺癌患者進行回顧性療效分析??己嗽噭┰?3名患者治療前的石蠟包埋組織樣本中均檢出EGFR敏感突變陽性,與臨床既往分子檢測結果一致。在53名患者吉非替尼片療效評估中,38例評估部分緩解,14例評估疾病穩定,1例評估疾病進展,臨床用藥客觀緩解率為71.70%(95%CI 57.65%~83.21%),疾病控制率為98.11%(95%CI 89.93%~99.95%),與既往藥物臨床試驗客觀緩解率范圍基本相符。

    2.甲磺酸奧希替尼片藥效相關性研究

    合計納入25例既往接受甲磺酸奧希替尼片治療的局部晚期或轉移性非小細胞肺癌患者進行回顧性療效分析??己嗽噭┰?5名患者治療前的石蠟包埋組織樣本中均檢出EGFR基因T790M突變陽性,與臨床既往分子檢測結果一致。在25名患者甲磺酸奧希替尼片療效評估中,16例評估部分緩解,8例評估疾病穩定,1例評估疾病進展,臨床用藥客觀緩解率為64%(95%CI 42.52%~82.03%),疾病控制率為96%(95%CI 79.65%~99.90%),與既往藥物臨床試驗客觀緩解率范圍基本相符。

    3.克唑替尼膠囊(ALK融合)藥效相關研究

     合計納入41例既往接受克唑替尼膠囊治療的局部晚期或轉移性非小細胞肺癌患者進行回顧性療效分析??己嗽噭┰?1名患者治療前的石蠟包埋組織樣本中均檢出ALK基因重排(融合)陽性,與臨床既往分子檢測結果一致。在41名患者克唑替尼膠囊療效評估中,30例評估部分緩解,9例評估疾病穩定,2例評估疾病進展,臨床用藥客觀緩解率為73.17%(95%CI 57.06%~85.78%)、疾病控制率為95.12%(95%CI 83.47%~99.40%),與既往藥物臨床試驗客觀緩解率范圍基本相符。

    4.克唑替尼膠囊(ROS1融合)藥效相關研究

    合計納入12例既往接受克唑替尼膠囊治療的局部晚期或轉移性非小細胞肺癌患者進行回顧性療效分析??己嗽噭┰?2名患者治療前的石蠟包埋組織樣本中均檢出ROS1重排(融合)陽性,與臨床既往分子檢測結果一致。在12名患者克唑替尼膠囊療效評估中,9例臨床評估部分緩解,3例評估疾病穩定,臨床用藥客觀緩解率為75%(95%CI 42.81%~94.51%)、疾病控制率為100%(95%CI 73.54%~100%),與既往藥物臨床試驗客觀緩解率范圍基本相符。 5.西妥昔單抗注射液藥效相關研究 合計納入23例既往接受西妥昔單抗注射液治療的晚期結直腸癌患者進行回顧性療效分析??己嗽噭┰?3名患者治療前的石蠟包埋組織樣本中的檢測結果均為KRAS基因野生型,與臨床既往分子檢測結果一致。其中10名患者為初次治療,與藥物臨床試驗入組人群相符。在這10名患者西妥昔單抗注射液療效評估中,7例評估部分緩解,2例評估疾病穩定,1例評估疾病進展,臨床用藥客觀緩解率為70%(95%CI 34.75%~93.33%)、疾病控制率為90%(95%CI 55.50%~99.75%),與既往藥物臨床試驗客觀緩解率范圍基本相符。另有11例為化療后復發結直腸癌患者,治療后疾病控制率為72.73%。其他2例為維持治療。 綜上所述,該產品臨床試驗資料對產品的臨床性能進行了較全面研究,臨床試驗符合要求。

    四、收益-風險評估 

    (一)收益評估 

    本產品用于定性檢測非小細胞肺癌(NSCLC)、結直腸癌(CRC)患者經中性福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)的組織樣本中EGFR/ALK/ROS1/RET/KRAS/NRAS/PIK3CA/BRAF/HER2/MET基因變異。其中,針對NSCLC,EGFR基因中:19號外顯子缺失(19del)、L858R點突變用于吉非替尼片的伴隨診斷檢測,T790M點突變用于甲磺酸奧希替尼片的伴隨診斷檢測;ALK基因重排(融合)和ROS1基因重排(融合)用于克唑替尼膠囊的伴隨診斷檢測;針對CRC,KRAS基因野生型用于西妥昔單抗注射液的伴隨診斷檢測。

    本試劑盒檢測既適用于非小細胞肺癌(NSCLC)患者,亦適用于結直腸癌(CRC)患者??梢淮涡詸z測患者經中性福爾馬林固定的石蠟包埋(FFPE)組織樣本中的10種基因變異?;颊咄ㄟ^檢測結果可能受益于相應的靶向藥物治療,亦可能通過檢測結果來輔助診斷,提示預后,獲得更優的治療方案。

    (二)風險評估

    本試劑盒檢測結果會受到樣本來源、樣本采集過程、樣本質量、樣本運輸條件、樣本預處理等因素影響,同時也受到樣本DNA提取質量、實驗操作、實驗環境等限制,導致可能得出假陽性或假陰性的檢測結果。使用者須了解檢測過程中可能存在的潛在風險及檢測的局限性。不符合說明書中【樣本要求】的樣本和不恰當的實驗操作會導致假陽性或假陰性結果,請嚴格按照產品說明書中【樣本要求】及【檢驗方法】的要求操作和進行實驗過程質控。同時由于腫瘤組織可能存在較大異質性,不同部位取樣可能會得到不同的檢測結果。本試劑盒陰性的檢測結果不能完全排除靶基因突變的存在,樣本中腫瘤細胞過少、過度降解、突變類型不在試劑盒檢測范圍內或靶基因濃度低于檢測限亦可造成假陰性結果。 本試劑盒在檢測過程中涉及基因擴增,在非可控的實驗室操作可能由于環境中氣溶膠的存在導致結果不可靠,同時PCR操作過程中氣溶膠的泄露可能會導致設備甚至實驗室的污染。因此,請在可控的實驗室進行檢測操作,操作人員需根據《醫療機構臨床基因擴增管理辦法》進行專業培訓,非專業的操作及操作不當會影響檢測質量。本試劑盒為基于二代測序平臺的多基因位點的伴隨診斷產品,檢測過程主要包括FFPE樣本中DNA提取、文庫制備、雜交捕獲、測序及數據分析等步驟。為確保檢測全流程的質量得到有效控制,在產品設計開發階段對樣本提取試劑、文庫質控試劑及測序試劑進行了全流程匹配性驗證,為了確保檢測結果的準確性,配套開發了測序數據分析及結果判讀的生物信息分析軟件。請使用本試劑盒推薦使用的配套試劑盒及軟件進行檢測,本試劑盒未對其他配套試劑盒及軟件進行對比驗證。

    (三)其他因素

    申報產品對臨床疾病治療的臨床指導價值仍需要進一步臨床研究。其它稀有突變本產品檢測試劑可以檢出,但相關腫瘤藥物安全性和有效性尚未確定。

    (四)收益-風險的確定

     通過在說明書等文檔中詳細規定操作流程和注意事項、對實驗人員進行專業培訓等防范措施,對該產品的已知和可預見的安全風險進行控制和降低,剩余風險可以被控制在驗收準則規定的可接受范圍內,同時沒有帶來新的危害與安全風險??紤]到風險控制措施已明確而且申報產品不是判斷臨床疾病的唯一依據,臨床中還應結合患者的臨床病史、癥狀、其他診斷結果和臨床醫生的專業判斷來綜合評價臨床疾病,在權衡獲得的收益以及對臨床風險的容忍度后,申報產品的收益大于風險。  

    綜合評價意見      

    本申報項目為境內第三類醫療器械產品注冊,屬于創新審批項目(編號:201600077)。申請人的注冊申報資料符合現行要求,依據《醫療器械監督管理條例》(國務院令第680號)、《體外診斷試劑注冊管理辦法》(國家食品藥品監督管理總局令2014 年第5 號)等相關醫療器械法規與配套規章,經系統評價后,建議準予注冊。申請人在該產品上市后應繼續對產品伴隨診斷用途進行驗證。請在至少兩家臨床機構隨訪收集伴隨診斷4 種藥物(吉非替尼片、甲磺酸奧希替尼片、克唑替尼膠囊、西妥昔單抗注射液)的臨床用藥療效隨訪數據,作為臨床補充資料在產品下一次延續注冊時提交。臨床用藥療效隨訪數據應包括:病理診斷信息,應用本產品檢測信息,患者用藥療效終點至最佳療效的療效數據,每種藥物相關數據應滿足統計學意義。該項臨床資料應由出具數據的各臨床試驗機構簽章。                                    

     

    2018年11月1日